La Unidad de Auditoría Interna está adscrita a la Dirección General del Instituto, con el carácter de Asesoramiento Técnico.

Objetivo: Es la Unidad responsable de contribuir al mejoramiento de los niveles de eficiencia, transparencia y economía en el manejo administrativo y financiero de la institución.

Ámbito: la Unidad de Auditoría Interna, ejecutará sus funciones para el cumplimiento de su trabajo en:
a) Todas las sedes de la institución ubicadas en el territorio nacional; y
b) La Unidad podrá descentralizar sus funciones en el ámbito nacional, con delegados Auditores, siempre que los recursos financieros y las posibilidades de la Institución lo permitan.

La Unidad de Auditoría Interna, contempla las siguientes funciones generales:
a) Planificar, organizar, dirigir, supervisar y evaluar todas las actividades inherentes a la Unidad de Auditoría Interna del Instituto;
b) Formular el Plan Anual de Auditoría, apegado a los objetivos del Instituto, con base en los criterios técnicos emitidos por la Contraloría General de Cuentas, para la ejecución oportuna de las auditorias planificadas;
c) Coordinar con la Contraloría General de Cuentas todo lo que requiera la instrumentalización del Plan Anual de Auditoría;
d) Promover y garantizar que los procesos de rendición de cuentas dentro de la institución sean ágiles, honestos, transparentes, efectivos y eficientes;
e) Evaluar los sistemas, procesos y procedimientos de control interno generados para el funcionamiento administrativo y financiero de la institución de acuerdo con las normas dictadas por la Contraloría General de Cuentas y el Ministerio de Finanzas;
f) Integrar y velar por el cumplimiento, el buen funcionamiento de los sistemas y los controles internos que verifiquen la calidad y legalidad del gasto de la institución;
g) Rendir informes periódicos a la Dirección General sobre los procesos administrativos y financieros de la institución;
h) Llevar los registros y controles necesarios para el funcionamiento y cumplimiento de los procedimientos administrativos y financieros de la institución;
i) Verificar, actualizar y aportar información independiente de los procesos administrativos y financieros para la toma de decisiones y ejecución de acciones por parte de la Dirección General;
j) Establecer relaciones y comunicación con las diferentes Unidades, Divisiones y Coordinaciones del Instituto para apoyar el efectivo cumplimiento de los procedimientos administrativos y financieros;
k) Evaluar el registro y control en forma interna de los activos, pasivos, derechos, obligaciones, ingresos y egresos relacionados con las actividades propias de la institución;
l) Apoyar el diseño e implementación de mecanismos de control para el fortalecimiento de la transparencia, probidad y credibilidad de la gestión administrativa y financiera de la institución;
m) Promover y actualizar el intercambio de información con las Unidades, Divisiones y Coordinaciones para la sistematización, actualización y modernización de los procedimientos, procesos y sistemas integrados de las funciones administrativas y financieras de la institución;
n) Proponer, evaluar e informar del cumplimiento de las Normas de Control Interno y de las medidas que sean necesarias incorporar a los procedimientos, procesos y sistemas;
o) Garantizar que el personal de la Unidad cumpla adecuadamente con sus obligaciones y funciones asignadas, a través de la planificación, programación y ejecución de auditoría, de conformidad con las normas y procedimientos aplicables al ámbito gubernamental;
p) Realizar auditorias aleatorias con enfoque integral en las diferentes Unidades, Divisiones y Coordinaciones de la institución;
q) Crear y mantener un archivo permanente que facilite la planificación de los trabajos; y
r) Realizar otras funciones que le sean asignadas en el ámbito de su competencia.